スーパーマンが地球を救った後の世界。故郷クリプトン星を失ったカーラ・ゾー＝エルは、唯一の心の拠りどころである愛犬クリプトと静かに暮らしていた。そんなある日、突如として現れた謎の敵クレムの攻撃により、クリプトが毒に侵されてしまう。カーラは解毒剤を手に入れるべく、同じくクレムに家族を奪われた異星人の少女ルーシーや凶暴な賞金稼ぎロボとともに、宇宙規模の壮大な戦いに身を投じていく。