デュランダルが提唱した、遺伝子によって人の運命を定める「デスティニープラン」の崩壊後
新たな平和秩序の実現に向けて、オーブ連合首長国代表・カガリを中心に、世界平和監視機構「コンパス」の創設が進められていた。

C.E.74。大きな戦いを終えた世界で、シンは自らが進むべき道を見出せずにいた。
そんな折、ザフトからオノゴロ島のコンパス暫定基地へ、かつての戦場を戦い抜いたモビルスーツが移送される。
しかしその夜、「ストライクフリーダムガンダム」が何者かによって強奪されてしまう。

事件の拡大を阻止し、奪われた機体を取り戻すため、そして守るべきもののため
シンたちは再び戦いへと身を投じていく――。